מבקר המדינה רשאי לבדוק כל מוסד ציבורי שמקבל כסף מתקציב המדינה. הוא בודק עניינים כספיים, שמירה על החוק, מינוי עובדים, איכות השירות שניתן לציבור ועוד. הדו"ח שלו מתפרסם בפומבי כל פרק זמן מסוים. מוסד מבקר המדינה הוא בלתי תלוי ברשות המבצעת, כיוון שהמבקר נבחר על ידי הכנסת. למבקר או לדו"ח שלו אין סמכויות אכיפה, אך עצם הפרסום מרתיע את השלטון, ולפעמים מביא לפתיחת חקירה משטרתית. זהו מוסד שלטוני, ולכן מהווה מנגנון פיקוח וביקורת פורמלי.